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罗氏沼虾

罗氏沼虾

产品介绍

中国水产科学研究院珠江水产研究所淡水虾遗传育种创新组于凌云博士研究团队与北京星空电竞(StarSky Sports)官网-华语电竞行业引领者农业科技有限公司合作，利用星空电竞(StarSky Sports)官网-华语电竞行业引领者 CAGT®靶向捕获测序技术，研发了具有自主知识产权的罗氏沼虾200K靶向捕获育种芯片“臻珠1号”。“臻珠1号”具有基因组覆盖全面、成本低、效果好、准确率高等特点，可应用于罗氏沼虾遗传多样性评估、种质资源鉴定、功能基因挖掘以及基因组选择育种等研究，可为罗氏沼虾遗传种质资源的开发与利用提供最新的分子工具。利用“臻珠1号”可培育罗氏沼虾的新品种，进一步降低选育成本，为培育生长快、抗病（逆）强、品质优的罗氏沼虾新品种奠定基础。

芯片信息	关键参数	臻珠1号
标记信息	标记类型	SNP
	标记总数	200000
	功能位点	22
测序品种	不同地域来源的237只罗氏沼虾

表1 “臻珠1号”育种芯片位点组成及分布数量

应用方向

罗氏沼虾遗传多样性评估
罗氏沼虾种质资源鉴定
罗氏沼虾全基因组选择育种
罗氏沼虾全基因组关联分析

数据表现

研究团队先后在越南、缅甸、斯里兰卡、浙江、江苏、广西和广东等8个区域收集罗氏沼虾237只。为获得充足可供挖掘的基因组遗传变异位点，对这些样本开展了高深度重测序工作，最终获得24,421,454个SNP位点。在这些数据的基础上，结合研究团队前期研究得到的22个个体鉴定位点，最终筛选出200,000个罗氏沼虾核心SNP位点，这些位点均匀地分布在59条染色体上（图1），并表现出较高的遗传多样性（图2）。使用重测序得到的位点和臻珠1号的200K位点对部分样品分别进行聚类分析，结果显示样本聚集情况在二者中表现基本一致（图3），说明该芯片可较好地代表群体原始状况。

图1 臻珠1号SNP位点在染色体上的位置分布

图2 臻珠1号SNP位点的MAF分布

图3 不同位点集的进化树结果（上图200K，下图所有位点）